鑒于僵化的“三不政策”，臺灣當局無法與祖國大陸進行正式的接觸與談判。1990年11月21日，為應付兩岸關系發展的需要以及推行有限的大陸政策，臺灣當局成立了“財團法人海峽交流基金會”(簡稱海基會)，并于1991年3月9日正式掛牌工作。這是以民間團體身份出現的半官方機構，直屬于“行政院大陸委員會”，任務是接受“陸委會”的委托，辦理臺灣當局“不便與不能出面的兩岸事務”，人稱“陸委會”手套。海基會的首任董事長為國民黨中常委、臺水泥業巨富辜振甫，副董事長兼秘書長為陳長文、副秘書長為陳榮杰。

　　海基會成立時的定位是“協調處理臺灣地區與大陸地區人民往來有關事務，以保障兩地人民權益為宗旨，不以營利為目的”。該會的主要工作有如下7項業務：(1)兩岸人民入出境收件、核轉及有關證件簽發補發。(2)大陸地區文書驗證、身份關系證明、協助訴訟文書送達及兩地人犯遣返。(3)大陸地區經貿資訊的收集發布，間接貿易、投資及其爭議的協調處理。(4)兩岸人民有關文化交流事宜。(5)協助保障臺灣地區人民在祖國大陸地區停留期間的合法權益。(6)兩岸人民往來有關咨詢服務。(7)“政府”委托辦理的其他事項。

　　該會成立后立即承擔先前由紅十字會負責的有關兩岸事務性的接觸和交往的職能，并派遣該會人士訪問祖國大陸各相關部門，建立溝通管道。

　　1991年12月16日，大陸社會團體法人性質的民間團體“海峽兩岸關系協會”(簡稱海協會)在北京成立，它以促進海峽兩岸交往，發展兩岸關系，實現祖國和平統一為宗旨。汪道涵被選舉為海協會首任會長，唐樹備為常務副會長，秘書長為鄒哲開。海協會成立后的工作重點主要有4項：一、逐步建立和發展與臺灣島內外民間團體、人士的聯系與相互合作，發揮民間力量，共同促進兩岸的直接“三通”和雙向交流。根據國臺辦的授權，協會將負責與臺灣海峽交流基金會有關團體進行聯系，處理相關問題。二、就合作打擊臺灣海峽海上走私、搶劫等問題與臺灣授權團體海基會具體商談。三、協會如受到委托，也將協同有關方面與臺灣授權團體或人士就處理臺灣海峽海上漁事糾紛和違反有關規定進入對方地區之居民及相關問題進行商談。四、協會將積極為臺灣島內外各團體、各界人士提供有關祖國大陸投資、貿易和其他交流活動的政策、法規等咨詢和服務。同時也積極向祖國大陸有關方面和地方提供對臺文化、學術、體育、科技交流等咨詢。

　　兩會成立后，充分發揮了溝通化解的橋梁作用。一年內，合作處理了各類突發事件24起，包括漁事糾紛6起、臺軍驅逐大陸漁民傷亡事件10起，刑事案件8起，建立起了相當良好的協調關系。從1992年3月到1995年6月，兩會進行了包括第一次“汪辜會談”在內的各種層級的總共17次商談。